どの権限が必要なのかちゃんと調べていないが，とりあえず Administrators なユーザーなら
$ ps -W
で Windows のプロセスも表示できる．さらに，
$ kill.exe -f (pid of win app)
でそのプロセスを殺せた．気をつけるのは kill ではなく
kill.exeということ．ただの kill では -f はつかえない．bash の内部コマンドなのかなあ．